換言すれば、このような場合、土地所有者は、その建物を第三者に分譲した時に、その建物のうち自己の自分に対応する部分を取得し、その有する土地のうち建築業者に対応する部分は建築業者に譲渡したものとして取り扱うのであり、結果的には、土地所有者については土地の譲渡益が生じ、建築業者については土地所有者からその土地の取得価額と第三者に対する分譲価額とが同額であれば土地の譲渡損益は生じない。
なお、平成10年１月１日から平成１２年１２月31日までの間の土地の譲渡等については、土地譲渡重課税は適用されない。
相続税法上の取扱い任意組合は組合員の組合契約に基づく団体であるから、組合員が死亡したときは、死亡した組合員は当然に組合契約から脱退する４０)。
組合員が脱退した場合、脱退組合員に対しては脱退時における組合の財産状況により計算した脱退組合員の出資に対応する金額が持分の払戻しとして払い戻される。
したがって、組合員が死亡した場合、基本的にはその相続人が死亡した組合員たる地位を相続するということはなく、死亡した組合員の組合財産に対する権利義務（組合財産の払戻し請求権）を相続人が承継することになり、その権利の承継について相続税が課されることになると考えられる４１)。
なお、（財)土地総合研究所による約款等報告書における任意組合型についての約款の第８条では、組合員が死亡により脱退した場合、不動産特定共同事業における持分を他の組合員又は適切と認められる者に譲渡して、当該譲渡によって得た代金から譲渡に要した諸費用及び理事長の報酬を控除した後の金額を支払うことと定められている。
消費税法上の取扱い共同事業においては、各構成員がその持分割合又は利益の分配割合に応じて行ったこととされる資産の譲渡等及び課税仕入れ等の計上時期は、原則として、当該共同事業として資産の譲渡等及び課税仕入れ等を行った時が各構成員における資産の譲渡等及び課税仕入れ等の時期となる。
ただし、各構成員が、当該資産の譲渡等及び課税仕入れ等の時期を、当該共同事業の計算期間（１年以内のものに限る）の終了する日の属する各構成員の課税期間において資産の譲渡等及び課税仕入れ等を行ったものとして取り扱うことができる42)。
任意組合による事業は上記の共同事業に該当し、共同事業に係る資産の譲渡等及び課税仕入れ等については、任意組合の各組合員がその割合等に応じてそれぞれ資産の譲渡等及び課税仕入れ等を行ったことになる。
そのため、各組合員が持分割合又は利益の分配割合等に応じた部分について、それぞれが納税義務者となる（消基通１－３－１)。
したがって、基準期間における課税売上高が3、000万円以下であることにより納税義務が免除されるか否かは、各組合員ごとに判定することになる。
なお、共同事業である任意組合の事業に係る消費税の納付については、課税事業者であるか否を問わず、当該任意組合の各組合員が連帯して他の組合員の納税義務を負う（通則法９)。
地価税法上の取扱い地価税の課税対象は「個人又は法人が課税時期において有する土地等」であり（地価税法第５条)、その土地等の課税時期における真実の権利者に対して課税される。
換言すれば、地価税においては台帳課税主義が採用されておらず、地価税の納税義務者は土地等の真実の権利者であり、実質保有者課税の原則が採用されている。
そのため、課税時期（１月１日午前零時）における土地等の帰属の判定が重要な問題となる。
任意組合の有する土地等の帰属の判定については、その組合員が各人の持分に応じて有するものとされる。
任意組合の有する土地等つまり組合財産は、任意組合が法人でないため財産の主体となることができず総組合員の共有に属するからである（民668)。
なお、平成10年以後の各年の課税時期において、個人又は法人が有する土地については当分の間、地価税が課されない（課税停止中)。
任意組合方式による不動産特定共同事業における登録免許税任意組合方式による不動産特定共同事業における業務の執行の委任を受けた者（不動産特定共同事業者）が、当該契約に係る出資により事業参加者（投資家）から不動産を取得した場合の所有権の移転登記に係る登録免許税の税率は、平成１４年３月31日までの間に登記を受けるものに限り、1,000分の30（本則1,000分の50）に軽減される（措法83の３①)。
この取扱いは、任意組合方式の不動産特定共同事業においては、投資不動産につき所有権の移転登記が二度行われる点を踏まえ、不動産特定共同事業の活用による土地の有効利用の促進に資するため、任意組合方式による「民法第667条第１項の出資」の登記に係る登録免許税を軽減するものとして、平成１０年度改正により創設されたが、不動産小口化スキームの一つとして、新たな土地の有効利用の促進にも資する有効な事業手法として積極的に推進していくことは、現在においても重要な施策であることから、2000年度税制改正により、適用期限が平成１４年３月31日まで２年間延長された。
税務申告任意組合自体の確定申告書の提出は不要であり、任意組合で稼得された所得又は損失については、各組合員に当該任意組合から分配された所得又は損失を、各組合員の段階でその他の所得と合算又は通算して個々に申告する。
しかし、組合契約の存在が認められても、支配的な組合員が利益を独占し、他の権利者が権利行使をすることが事実上可能であるようなときには、税務上、その団体の所得はその組合員の単独事業による所得と認めざるを得ない。
けだし、その利益を独占している組合員については、違法な利得の課税であり、他の権利行使が不可能な組合員には所得の実現がみられないからである。
地位の譲渡を省令記載様式に倣って、①理事長に譲渡する場合と②第三者に譲渡する場合とを区別した上で、第三者譲渡について括弧内にただし書きで要件が加えられた。
組合員は、以下の各号に掲げる場合に限り、本契約の地位を譲渡することができる。
(1)理事長に譲渡する場合(2)理事長以外の第三者に譲渡する場合（ただし、この場合、理事長は、本契約上の地位を譲渡する相手方と本契約上の権利及び義務と同一内容の任意組合契約を締結し、同時に本契約上の権利及び義務を消滅させるものとする）組合の訴訟行為は、組合の対外的業務執行の一態様であり、対外的業務執行の考え方と同様に考えればよいことになる。
すなわち、組合代表権を有する組合員、業務執行組合員等は各自組合を代表して訴え又は訴えられることができる。
なぜなら、各組合員の相互の代理権は別段の定めがない限り、訴訟行為の代理権を含むと解すべきだからである。
民法上の組合は、所得税法上も特段の規定がないため、所得計算の方法、届出、申請等の諸手続、源泉徴収の方法等について種々の問題がある。
投資事業組合（ベンチャーキャピタル）については、一般的には匿名組合ではなく、民法上の組合として扱われている。
そのメルクマールの一つとして、組合財産が各組合員の共有であるか又は営業者に帰属するかがあげられる。
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